События развиваются спустя 2 года после начала пятилетней миссии.
Экипаж звездного корабля «Энтерпрайз», во главе с капитаном Джеймсом Т. Кирком, были атакованы могущественной и опасной волной неизвестных пришельцев, которые уничтожают корабль, оставляя их без всего на новой неизведанной планете, где они оказываются в конфликте с новым безжалостным врагом.